中國微生態學雜志收錄論文類型主要包括：其他、論著、口腔微生態學、臨床研究、婦科微生態學、技術與方法、綜述等。
雜志論文要求：
1、參考文獻著錄：執行GB/T7714—2015《參考文獻著錄規則》。采用順序編碼制著錄，依照其在文中出現的先后順序用阿拉伯數字標出，并將序號置于方括號中，排列于文后。
2、通信作者著錄于文章首頁地腳，同時附上通信作者的電子郵箱。
3、注釋：注解性內容分附注、腳注和夾注。
4、文稿中使用的名詞術語、符號、計量單位要前后一致，符合國家有關標準（SI單位）。
5、來稿應具有較高的理論和應用價值。立題新穎，論點正確，論據充分，條理分明，重點突出，文字精煉，數據可靠，理論聯系實際，對于社會實踐有正確的指導意義；不違反國家憲法、法律以及基本路線、方針政策。
中國微生態學雜志是由國家衛生健康委員會主管，中華預防醫學會;大連醫科大學主辦的CSCD期刊，影響因子為：1.52。順應社會的發展，雜志獲得了多項榮譽：Caj-cd規范獲獎期刊、中國優秀期刊遴選數據庫、中國期刊全文數據庫（CJFD）、中國學術期刊（光盤版）全文收錄期刊、中國科技期刊優秀期刊等。
雜志往期論文摘錄展示
腸道細菌相關代謝產物脫氧膽酸的量效和時效對秀麗隱桿線蟲生長發育的影響
新疆傳統發酵乳品中益生菌的益生特性
孕期增重過多對孕婦腸道菌群及妊娠結局的影響
不同碳水化合物對孤獨癥患兒腸道菌群體外發酵產生短鏈脂肪酸的影響
卷曲乳桿菌對三種結腸上皮細胞的粘附性
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