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應用生態學報雜志國內刊號為：21-1253/Q，目前被北大期刊(中國人文社會科學期刊)、CSCD 中國科學引文數據庫來源期刊(含擴展版)、統計源期刊(中國科技論文優秀期刊)、知網收錄(中)、維普收錄(中)、萬方收錄(中)、CA 化學文摘(美)、JST 日本科學技術振興機構數據庫(日)、Pж(AJ) 文摘雜志(俄)、哥白尼索引(波蘭)、國家圖書館館藏、上海圖書館館藏、醫學文摘等收錄，獲得過中國優秀期刊遴選數據庫、中國期刊全文數據庫（CJFD）、中科雙效期刊、RCCSE學術期刊、中國科技期刊優秀期刊、北大圖書館收錄期刊等榮譽。

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