雜志的級別劃分是一個相對復雜的過程，涉及多個方面的因素，對于《南京大學學報·自然科學》雜志來說，其級別劃分主要基于其在期刊行業內的認可度、學術影響力以及收錄和榮譽情況等因素。
級別劃分依據主要基于以下幾個方面：
主管與主辦單位
《南京大學學報·自然科學》雜志中華人民共和國教育部主管，南京大學主辦，根據期刊級別劃分的標準，部級期刊由國家部委、全國性學會、協會、研究機構等主辦，具有全國影響力。而省級期刊則由各省、自治區、直轄市及其下屬部門、學會、協會、高等院校等主辦，包括本科院校和專科院校的學報。
收錄與榮譽
收錄情況：該雜志被多個知名數據庫和圖書館收錄，如北大期刊(中國人文社會科學期刊)、CSCD 中國科學引文數據庫來源期刊(含擴展版)、統計源期刊(中國科技論文優秀期刊)、知網收錄(中)、維普收錄(中)、萬方收錄(中)、CA 化學文摘(美)、JST 日本科學技術振興機構數據庫(日)、國家圖書館館藏、上海圖書館館藏等。這些數據庫的收錄標準通常較高，能夠反映出《南京大學學報·自然科學》雜志的學術質量和影響力。
榮譽資質：該雜志榮獲了Caj-cd規范獲獎期刊、中國優秀期刊遴選數據庫、中國期刊全文數據庫（CJFD）、中科雙效期刊、中國科技期刊優秀期刊、北大圖書館收錄期刊等榮譽。這些榮譽資質的獲得，進一步證明了期刊的學術水平和影響力。
學術影響力
總發文量與被總被引量：《南京大學學報·自然科學》雜志總發文量：1358，總被引量：11070，總發文量與被總被引量是衡量其學術影響力的重要指標。
影響因子：該雜志的綜合影響因子：1，復合影響因子：0.54，這進一步證明了其學術水平和影響力。
期刊欄目設置
欄目設置：《南京大學學報·自然科學》雜志涵蓋了數據驅動的知識發現、大數據分析、學習和決策、臺風發展的動力與物理過程等多個欄目，內容新穎、信息量大、時效性強，能夠滿足不同領域學者的需求。
投稿咨詢綜上所述，該雜志的級別劃分依據主要基于其主管與主辦單位的學術地位、收錄與榮譽情況、學術影響力以及期刊內容與欄目設置等多個方面。
這些因素共同構成了雜志級別劃分的重要依據，也體現了《南京大學學報·自然科學》雜志作為一本具有較高學術水平和影響力的北大期刊的地位。
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