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北京生物醫學工程雜志國內刊號為：11-2261/R，目前被統計源期刊(中國科技論文優秀期刊)、知網收錄(中)、維普收錄(中)、萬方收錄(中)、國家圖書館館藏、上海圖書館館藏等收錄，獲得過中國優秀期刊遴選數據庫、中國期刊全文數據庫（CJFD）、中國學術期刊（光盤版）全文收錄期刊、北大圖書館收錄期刊等榮譽。

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