上海書店出版社成立于1988年6月，是以編輯出版傳統文化、文史資料和藝術類圖書為主的專業出版社。

建社以來，曾影印出版了《申報》、《道藏》、《四部叢刊》、《天一閣藏明代方志選刊》、《中國現代文學史參考資料》、《民國叢書》、《中國歷代法書墨跡大觀》等一系列在國內外有一定影響的出版物。從90年代開始，逐步形成了以文史類和藝術類為重點的出書新格局，先后出版了一批圖書新品如《閑暇叢書》、《古玩寶齋叢書》、《中國詩歌寶庫》、《中國古籍稿鈔校本圖錄》、《宋拓郁孤臺法帖》等等。有80余種圖書分別在國際或國家、華東地區、上海市評比中獲獎。1997年，經過10年艱苦努力完成的《中國近代文學大系》獲得了國家圖書獎的最高獎項--榮譽獎；2001年，《宋拓郁孤臺法帖》獲得了第五屆國家圖書獎提名獎；2002年，《中國古籍稿鈔校本圖錄》獲得了第十三屆中國圖書獎。

上海圖書發行公司于1960年改組為上海圖書公司，下轄上海古舊書店和上海外文書店。1967年，上海古舊書店改名為上海書店。“”期間，上海書店的營業基本中斷。