南開大學出版社是南開大學的出版機構，初創于1929年，南開大學出版社1936年10月日本侵略中國華北時停辦，1983年，經中華人民共和國國家教委和文化部批準，南開大學出版社恢復重建。當今世界數學大師陳省身先生、已故著名劇作家曹禺先生和教育家吳大猷先生等著名學者和大師早年均曾任職于南開大學出版社。南開大學出版社作為教育部直屬的華北高校文科教材基地之一，出書范圍包括社會科學、自然科學、醫學、藝術等諸多門類的教材、教參、學術專著、譯著及工具書，其中以經濟、管理、旅游、計算機、語言、歷史、哲學、化學、生物、物理等學科圖書為重點。隨著出書品種的不斷增加，目前出版社每年出版新書和重印書200多種，并有多種圖書榮獲全國和市級獎勵。從1998年至2001年，已有40余種圖書獲得省部級以上獎勵。

南開大學出版社至今已走過了19年的發展歷程，一直以來在學校黨委、行政及上級領導部門的正確領導和廣大師生員工的大力支持下，出版社全體員工始終堅持正確的辦社方向，抱定為學校教學科研和學科建設服務的辦社宗旨，艱苦創業，開拓進取，走出一條切實可行的發展道路。特別是近幾年來，出版社堅定不移地貫徹江總書記“三個代表”重要思想，以發展為主題，以隊伍建設為關鍵，以市場化為導向，大力推進改革，強化科學管理，各項工作取得長足進步，出版社整體實力和辦社水平有了顯著提高。 經過不斷改革調整，南開社的機構設置趨于合理，現有策劃編輯室、文稿編輯室、審校室、總編室、版權貿易部、電子音像部、出版部、市場營銷部、人力資源部、財務科、辦公室等十幾個部門。同時，在大力實施人才工程、加強隊伍建設的思想指導下，逐步培養了一支精干、高效、結構合理的編輯出版營銷隊伍。現有員工65人，其中具有碩士研究生以上學歷的14人，大學本科以上學歷的22人；具有高級職稱者22人，中級職稱者20人。 

南開大學出版社始終將服務于南開大學的教學科研和學科建設作為自己義不容辭的責任，始終把教材、教學參考書和學術著作的出版放在優先考慮和重點保證的地位，力爭把南開大學出版社辦成充分展示南開大學教學科研和學科建設優秀成果的重要窗口。在南開社每年出版的圖書中，教材、教學參考書和學術著作共占到了80%以上。同時，重視教材的品牌建設，注重提高其系列化程度。現在，計算機等級考試教程系列、旅游學教材系列、英語專業基礎課教材系列等圖書已成為我社的品牌圖書，獲得良好的社會效益和經濟效益。南開大學出版社先后投入大筆資金，并設立了南開大學出版基金，出版了一批優秀的學術專著，反映了各學科的學術前沿研究水平，出版后社會反響很好，有力推動了學校的學科建設。

出版該校設置的主要學科、專業、課程所需要的教材；該校教學需要的教學參考書、教學工具書；與該校主要專業方向相一致的學術專著、譯著；適合高等學校教學需要的通俗政治理論讀物；根據學校主管部門確定的分工和安排，為尚未成立出版社的高校出版同一專業系統的高校教材。不得出版文藝創作、翻譯小說、實用性圖書及中小學學習輔導材料。出版該校教師著作，只限于上述范圍之內。

南開大學出版社2010年啟動轉企改制，先后進行了清產核資、資產評估。2013年5月南開大學出版社變更工商注冊登記名為“南開大學出版社有限公司”，2014年4月獲得財政部重新頒發的企業產權登記證，轉企改制正式完成。