1988年4月13日，南京出版社經原國家新聞出版署批準成立，是全國15家城市出版社之一。建社以來，始終以“積累文化、傳播文化、創新文化”為宗旨，立足本地，面向海內外，出版了一系列精品力作，取得了良好的社會效益和經濟效益。

板塊中，以《金陵全書》為龍頭，人文社科和少兒文藝為兩翼，建立起了“六位一體” 的“南京學”出版體系，形成了獨特的品牌和優勢。

建社30多年來，出版了5000余種圖書，其中有400多種圖書榮獲各級各類圖書獎項和國家出版規劃項目等?！吨袊暇┰棋\》榮獲2004年第十四屆“中國圖書獎”；“中國現代化叢書”“六朝文化叢書”“明朝文化研究叢書”“抵御外侮——中華英豪傳奇”叢書、“侵華日軍暴行史研究”叢書等入選國家重點出版物出版規劃項目；“南京大屠殺數字檔案館、數字圖書館、數字宣教館及數字出版一體化平臺”“‘信仰的力量’——雨花英烈互聯網課堂、數字文創出版及VR體驗一體化平臺”，分別于2016年和2017年入選國家新聞出版廣電總局“改革發展項目庫”。此外，《南京大屠殺死難者國家公祭讀本》（小學版、初中版和高中版）、《璞石成玉的秘密——孩子們心中的社會主義優秀價值觀》《問道——中學生心中的社會主義優秀價值觀》《我們的節日》等主題出版物進入江蘇省中小學課堂。

南京出版社作為一個團結奮進的集體獲得了多項集體榮譽。2013年，榮獲首屆江蘇省新聞出版政府獎“先進新聞出版單位獎”；2015年，被江蘇省新聞出版廣電局授予“全民閱讀先進單位”；2018年，榮獲江蘇省新聞出版廣電（版權）系統“先進集體”榮譽稱號。

南京出版社成立于1988年，是南京市市屬唯一的地方城市綜合性出版社，是南京出版傳媒集團旗下核心企業。